Foi erigido em 1514, por D. Jaime, para ser o Panteão das Duquesas de Bragança, o Real Convento das Chagas de Cristo, foi ocupado em 1535 pelas clarissas provenientes do Mosteiro de Nossa Senhora da Conceição de Beja.
Apesar do despojamento característico desta ordem religiosa, as muitas doações transformaram este convento num dos mais prósperos do país.
O interior da igreja – classificada, desde 1944, monumento nacional, em conjunto com os claustros do convento -, é totalmente coberto de azulejos policromos datados de 1626, o altar-mor é rico em talha dourada e em pinturas do século XVI. Actualmente o Convento alberga a Pousada D. João IV e nos vários quartos perpetuam-se as lendas encantadas dos tempos em que, nas diversas celas, retiros e oratórios, as religiosas dedicavam o seu tempo à contemplação e oração.
Pssamos para o ano de 1534, onde o papa Paulo III confirmou a bula anterior, e concedeu autorização para a fundação do Convento mais sumptuoso da vila, porque quase todas as professas provinham da melhor nobreza do Alentejo e do reino.
Foi sua primeira abadessa madre Soror Maria de São Tomé, freira professa da Conceição de Beja, irmã de Dona Joana de Mendonça, mulher de D. Jaime, duque de Bragança.
O convento tinha sido anteriormente ocupado por freiras agostinhas, que saíram para fundar o Convento de Santa Cruz de Vila Viçosa.
A instituição foi suportada com a anexação ao cenóbio das comendas de São Miguel de Baltar e Santo Estêvão da Chancelaria, com a sua igreja de São Bartolomeu da Margem.
Mas só depois de 1539, a comunidade instalou-se.
O convento é remodelado no reinado de D. João V.
Em 1834, no âmbito da “Reforma geral eclesiástica” empreendida pelo Ministro e Secretário de Estado, Joaquim António de Aguiar, executada pela Comissão da Reforma Geral do Clero (1833-1837), pelo Decreto de 30 de Maio, foram extintos todos os conventos, mosteiros, colégios, hospícios e casas de religiosos de todas as ordens religiosas, ficando as de religiosas, sujeitas aos respetivos bispos, até à morte da última freira, data do encerramento definitivo.
Os bens foram incorporados nos Próprios da Fazenda Nacional.
Em 1905, foi encerrado, por falecimento da última freira.
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