Morto o rei D. Fernando, Vila Viçosa pela voz do seu alcaide-mor Vasco Porcalho, e contra a voz dos seus naturais, toma o partido de Castela. Vila Viçosa só volta a ser portuguesa após a batalha de Aljubarrota, sendo doada pelo rei D. João I ao Condestável D. Nuno Álvares Pereira.
D. Fernando, Conde de Arraiolos por doação de seu avô D. Nuno Álvares Pereira, e 2º Duque de Bragança, pela morte prematura de seu irmão mais velho D. Afonso, Conde de Ourém, instala-se em Vila Viçosa. Desde então, foi este o lugar de eleição dos Duques de Bragança, que residem na alcáçova do castelo até c. 1502, quando se inicia a construção do Paço do Reguengo, actual Paço Ducal de Vila Viçosa.
As funções exclusivamente militares que o castelo assume a partir do século XVI, exigem alterações profundas. O seu traçado de castelo artilheiro, único em Portugal, deve-se às obras promovidas por D. Teodósio I.
Na sequência da Restauração e para fazer face à guerra, a envolvente da fortaleza artilheira é adaptada por Cosmander às necessidades defensivas da época, com a adição de um sistema estrelado poligonal e reforço dos muros da cidadela. De novo, em 1662, Schomberg fortifica-o, para o último grande episódio bélico vivido por esta fortaleza, a vitória sobre o exército castelhano comandado pelo Marquês de Caracena na batalha de Montes Claros, em Junho de 1665.
Até finais do século XIX albergou um regimento de Infantaria.
O conjunto fortificado do Castelo foi restaurado nas décadas de 1930 a 1950, pela Direção Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais, a conservação das muralhas e alcáçova do Castelo de Vila Viçosa têm sido promovidas pela Fundação da Casa de Bragança.
Dentro do recinto amuralhado encontra-se o Santuário de Nossa Senhora da Conceição, que alberga a imagem da Virgem oferecida pelo Condestável Nuno Álvares Pereira e coroada rainha de Portugal pelo rei D. João IV em 1646.
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